Rafinerija nafte Brod posluje u skladu sa ekološkom dozvolom, izdratom od strane Ministarstva za prostorno uređenje, građevinarstvo i ekologiju u Vladi Republike Srpske. Mjere po pitanju ekologije koje provodi Rafinerija utvrđene su ekološkom dozvolom i u skladu sa ekološkim standardima. 

Rafinerija ispunjava obaveze iz zaštite životne sredine u skladu sa zakonskim okvirima, te primjenjuje mjere za ublažavanje negativnih uticaja na životnu sredinu i monitoringe u toku rada i tehnoloških obustava postrojenja usljed remontnih aktivnosti.

Ekološkom dozvolom su definisane mjere za sprečavanje emisija u vazduh, mjere za sprečavanje emisija u zemljište i vodu, mjere za sprečavanje i smanjenje otpada, ostale mjere u fazi eksploatacije postrojenja kao i granične vrijednosti pojedinih parametara koji se prate.

U skladu sa ekološkom dozvolom vrše se redovni eksterni monitorinzi od strane ovlašenih i sertifikovanih instituta.