Рафинерија нафте Брод послује у складу са еколошком дозволом, издатом од стране Министарства за просторно уређење, грађевинарство и екологију у Влади Републике Српске. Мјере по питању екологије које проводи Рафинерија утврђене су еколошком дозволом и у складу са еколошким стандардима. 

Рафинерија испуњава обавезе из заштите животне средине у складу са законским оквирима, те примјењује мјере за ублажавање негативних утицаја на животну средину и мониторинге у току рада и технолошких обустава постројења усљед ремонтних активности.

Еколошком дозволом су дефинисане мјере за спречавање емисија у ваздух, мјере за спречавање емисија у земљиште и воду, мјере за спречавање и смањење отпада, остале мјере у фази експлоатације постројења као и граничне вриједности појединих параметара који се прате.

У складу са еколошком дозволом врше се редовни екстерни мониторинзи од стране овлашених и сертификованих института.